Trong cây các ancaloit luôn tồn tại ở dạng các muối với các axít hữu cơ và mỗi họ cây thường có một dãy ancaloit cùng nhóm, trong đó có nhóm chính và nhóm phụ. Hàm lượng của chúng phụ thuộc vào giống cây, mùa vụ và địa lý.

Để phân lập ancaloit phải qua quy trình sau:

a) Nghiền nhỏ nguyên liệu thành bột rồi ngâm với dung dịch HCl 1%(hoặc bằng dung dịch xôđa) để chuyển hóa hoàn toàn ancaloit thành muối clohiđrat dễ tan.

b) Lọc lấy dung dịch muối, kiềm hóa để lấy ancaloit hoàn toàn khỏi muối.

c) Cất cuốn hơi nước hoặc chiết bằng dung môi hữu cơ như clorofom, benzen v.v.

d) Chạy sắc ký hoặc sắc ký bản mỏng điều chế...phân lập riêng từng ancaloit.

e) Xác định cấu trúc các ancaloit thử hoạt tính sinh học, đem sản phẩm thử nghiệm, ứng dung.